Fut brièvement roi de Pologne avant d'accéder en 1574 au trône de France suite à la mort de son frère Charles IX sans descendant mâle. Dans le contexte des guerres de Religion, une rébellion protestante appuyée par le dernier frère survivant du roi, François, duc d'Alençon, affaiblit le pouvoir d'Henri III au début de son règne. Il est contraint de décréter l'édit de Beaulieu en 1576. Celui-ci, qui accorde aux protestants de nombreuses libertés, provoque la création d'un regroupement armé ultra-catholique, la Ligue, qui sera très actif jusqu'à la fin du XVIᵉ siècle.
Réconcilié par la suite avec son frère, Henri III veut venger l'humiliation qu'il a subie avec l'édit de Beaulieu en combattant les protestants à Montpellier. Après les avoir vaincus, il conclut avec eux la paix de Bergerac, qui conduit à l'édit de Poitiers (1577), lequel réduit la portée de certains avantages de l'édit de Beaulieu octroyés aux protestants.
Après plusieurs années de calme relatif, la mort par tuberculose en 1584 de François d'Alençon, le frère du roi et héritier présomptif du trône, fait entrer la France dans un nouveau conflit religieux avec la « guerre des Trois Henri ». La possibilité de voir Henri de Navarre, un protestant, être le premier dans la ligne de succession à Henri III au trône de France en l'absence d'héritier mâle de la part du roi est inacceptable pour le parti catholique représenté par Henri de Guise. À la recherche d'un équilibre fragile entre les deux camps, le roi est dans une position délicate et cherche les compromis sous les conseils de la reine mère Catherine de Médicis.
Excédé des atermoiements du roi, Henri de Guise fait son entrée dans Paris et soulève les ligueurs contre les troupes envoyées par le roi, ce qui mène à la journée des Barricades (13 mai 1588). Le roi est contraint par la suite de signer l'édit d'Union excluant Henri de Navarre de sa succession. Il est toutefois bien déterminé par la suite à faire chèrement payer Henri de Guise pour cette humiliation et le fait assassiner le 23 décembre 1588 avant un conseil royal au château de Blois.
Le meurtre d'Henri de Guise provoque des soulèvements de la part des ligueurs à Paris et en province qui forcent Henri III à fuir la capitale et se réfugier à Tours. Face à cette réation violente, Henri III accepte une alliance avec Henri de Navarre pour tenter de reprendre le contrôle de Paris et revient sur sa décision prise avec l'édit d'Union en désignant Henri de Navarre comme son successeur à condition qu'il se convertisse. Henri III mourra poignardé le 1ᵉʳ août 1589 par un moine dominicain radical, Jacques Clément, et laissera place à Henri IV dans un climat social extrêmement tendu. Sa mort sans enfant met définitivement fin à la présence des Valois au trône de France.