Le 18 décembre 1793 à Toulon, les Britanniques sont boutés hors de la ville lors d'une victoire des forces républicaines dans un combat où s'illustre Napoléon Bonaparte, alors jeune capitaine d'artillerie, sous les ordres du général Jacques François Dugommier.
À Paris, la hausse des prix sur les grains cause beaucoup de mécontentement chez la population. La Convention introduit à ce sujet la loi sur le maximum pour contrôler les prix mais celle-ci s'avère inefficace. Cela amène le journaliste pamphlétaire Jacques-René Hébert à s'en prendre avec virulence à la Convention et à Robespierre, qu'il juge trop près de la bourgeoisie. Hébert, l'un des grands promoteurs du régime de la Terreur et de la « déchristianisation » du pays, lance le 4 mars 1794 un appel au club des Cordeliers pour provoquer un soulèvement populaire mais la tentative échoue. Il est arrêté le 14 mars 1794 et est exécuté avec ses supporteurs le 24 mars 1794. Le 30 mars 1794, Danton et Desmoulins, qui étaient des opposants à Hébert, sont arrêtés à leur tour. Faisant partie des Indulgents, un groupe à l'intérieur des Montagnards remettant en cause le recours à la Terreur, ils sont exécutés le 5 avril 1794 en raison de leurs positions jugées trop modérées.
Les excès de la Terreur résultant des exécutions massives effectuées après la fin des soulèvements dans les régions de France suscitent beaucoup de questionnements à la Convention. Les représentants de missions, notamment Fouché, Collot d'Herbois et Carrier, sont rappelés à Paris au printemps 1794 par Robespierre pour répondre des moyens jugés démesurés qu'ils ont utilisés pour punir les rebelles défaits et procéder à la déchristianisation des régions touchées. Certains d'entre eux sont même soupçonnés de détournement de fonds.
Le 7 mai 1794, Robespierre introduit dans le but de promouvoir la politique de déchristinisation une religion d'État sous forme d'entité immatérielle, l'Être suprême, à laquelle la Révolution est assujettie. Le 8 juin 1794, il préside une cérémonie donnée en l'honneur de celui-ci.
Le 10 juin 1794, la Convention adopte la loi de Prairial, déposée par Georges Couthon, un proche de Robespierre, qui réduit au minimum le déroulement du processus judiciaire et enlève aux accusés le droit de défense et de recours. La mise en place de cette législation amplifie le rythme des exécutions et rend le régime de la Terreur encore plus impitoyable. Cette période, appelée la « Grande Terreur », durera jusqu'à la chute de Robespierre.
Le 12 juin 1794, Fouché est exclu du club des Jacobins sur l'initiative de Robespierre. À ce point, les deux hommes s'engagent pour les prochaines semaines dans une lutte pour déterminer lequel réussira le plus à faire porter sur l'autre le poids des abus de la Terreur. L'issue du conflit ne fait aucun doute : celui qui en sortira perdant sera conduit à l'échafaud.