Le Directoire est composé d'un groupe de cinq Directeurs, constituant le pouvoir exécutif, et de deux chambres législatives, soit  le Conseil des Cinq-Cents (500 membres) et le Conseil des Anciens (250 membres). Les députés des chambres législatives sont élus au suffrage universel censitaire, basé sur un seuil d'impôt (cens) que les électeurs peuvent payer. Les Directeurs sont ensuite désignés par les députés. Les élections ont lieu une fois l'an pour le renouvellement partiel du tiers des députés.

L'idéal de stabilité du Directoire tel que vu par les républicains centristes modérés qui l'ont créé est très difficile à atteindre et fait constamment l'objet de remises en question par les néo-Jacobins d'une part, et les royalistes d'autre part. Le Directoire est souvent vu comme le « règne de Paul Barras » puisque l'homme sera le seul à faire partie de toutes les équipes de Directeurs qui se succèderont au fil du temps et il aura beaucoup d'influence dans chacune de celles-ci.

Chaque élection durant l'existence du Directoire finit par se solder par un coup d'État forçant l'exclusion de membres désignés. Aux élections d'avril 1797, plusieurs députés royalistes nouvellement élus sont remplacés le 4 septembre 1797 (18 fructidor an V)  par des candidats défaits. À celles d'avril 1798, c'est au tour de plusieurs députés néo-jacobins de subir le même sort le 11 mai 1798 (22 floréal an VI). Le 18 juin 1799 (30 prairial an VIII), après les élections d'avril 1799 favorables aux néo-jacobins, trois Directeurs sont chassés sous menace d'arrestation par les deux Conseils.

Sur le plan militaire, Bonaparte mène avec succès une campagne en Italie en 1796 et 1797 en accumulant les victoires comme celles de Lodi (10 mai 1796) et Arcole (15 au 17 novembre 1796) sur les troupes autrichiennes et leurs alliés de certains États italiens (Sardaigne, Naples). En avril 1797, il se dirige vers Vienne et force ainsi l'Autriche à rendre les armes, ce qui mènera au traité de Campo-Formio le 18 octobre 1797. Par celui-ci, l'Autriche reconnaît la République cisalpine créée par Bonaparte, sans l'accord du Directoire, et cède de ce fait à la France la Lombardie; elle lui cède également d'autres territoires comme les Pays-Bas autrichiens. L'événement met fin à la première coalition, seule la Grande-Bretagne demeure à ce moment-là en guerre contre la France.

Le 19 mai 1798, Bonaparte quitte le port de Toulon en direction de l'Égypte accompagné d'une armée de 50 000 hommes et de toute une équipe de scientifiques en soutien. Le but est de tenter de prendre le contrôle de l'isthme de Suez pour y établir une colonie qui permettrait de barrer plus facilement la route aux Anglais pour une partie de leurs échanges commerciaux avec les Indes. Durant la traversée de la Méditerrannée, Bonaparte s'empare de l'île de Malte, qui demeurera sous occupation française jusqu'en septembre 1800 avant de passer ensuite sous contrôle britannique.

Bonaparte débarque à Alexandrie le 1ᵉʳ juillet 1798. Le 21 juillet, il remporte la victoire lors de la bataille des Pyramides contre les Mamelouks qui dominaient jusqu'alors l'Égypte au profit de l'Empire ottoman. La suite s'avère moins heureuse avec l'anéantissement de la flotte française par l'amiral Nelson lors de la bataille navale dans la baie d'Aboukir les 1ᵉʳ et 2 août 1798. Bonaparte tente ultérieurement, sans succès, d'assiéger Saint-Jean-d'Acre en mars 1799 contre les Britanniques et les Turcs lors d'une expédition en Syrie qui tourne mal. Avec une armée décimée par la peste, il décide de rebrousser chemin vers l'Égypte

Le 25 juillet 1799, Bonaparte vainc les Ottomans lors d'une nouvelle bataille à Aboukir après que ceux-ci aient débarqué avec l'assistance des Britanniques dans le port quelques jours auparavant. Malgré ce succès, la campagne d'Égypte piétine et Bonaparte, bien au fait des intrigues qui se jouent au même moment au Directoire, quitte discrètement l'Égypte le 23 août 1799 avec un groupe réduit de savants et généraux, et arrive en France le 9 octobre 1799.

La campagne d'Égypte ainsi que l'établissement par la France d'autres républiques satellites en Suisse et en Italie en 1798 ont incité des États tels la Russie, l'Autriche et le royaume de Sicile à se joindre à la Grande-Bretagne et l'Empire ottoman pour former une deuxième coalition contre la France. L'armée française réussit à repousser les assauts des alliés en Suisse mais subit une série de défaites en Italie de sorte qu'il ne reste presque plus rien des territoires conquis par Bonaparte en 1796 et 1797.

Régime usé, impopulaire et miné par la corruption, le Directoire tire à sa fin au début de novembre 1799. Siéyes, Directeur depuis quelques mois, prépare un coup d'État dans le but de concrétiser le projet de constitution qu'il carresse depuis longtemps. Il s'assure de la collaboration de plusieurs participants comme Roger Ducos, également Directeur, Talleyrand et Bonaparte.

Connu comme le coup d'État du 18 brumaire an VIII (9 novembre 1799) en raison de la date, la séquence d'événements commence par le déplacement des Conseils à Saint-Cloud, sous la supervision de Bonaparte et de ses troupes, afin d'éviter que la population de Paris, où les assemblées se tiennent habituellement, puisse intervenir et compromettre le succès de l'entreprise. La suite durant la même journée consiste à s'assurer que les Directeurs ne puissent plus avoir de pouvoirs. Siéyes et Ducos remettent ainsi leur démission comme prévu selon le plan. Au départ récalcitrant, Barras les imite un peu plus tard après avoir été convaincu par Talleyrand. Les deux autres Directeurs, Louis Gohier et Jean-François Moulin, qui refusent de se retirer, sont placés en garde à vue.

Le lendemain, Bonaparte et un groupe de cavaliers se présentent au château de Saint-Cloud pour intervenir lors des séances des Conseils qui doivent avoir lieu cette journée-là. Celles-ci prennent beaucoup de retard et Bonaparte, impatient, fait une première apparition dans la salle où siège le Conseil des Anciens et prononce un discours plutôt incohérent qui reçoit un accueil mitigé. Il se rend ensuite à l'orangerie du château où se trouve le Conseil des Cinq-Cents. L'assemblée se déroule déjà dans un climat houleux et Bonaparte s'attire par sa présence plusieurs réactions hostiles; certains députés réclament sa mise hors la loi et lui font des menaces.

La situation le force à quitter l'endroit et à sortir à l'extérieur. La confusion s'installe alors, autant parmi les Conseils que chez Bonaparte, ses troupes et les autres organisateurs du coup d'État. La possibilité d'un échec est réelle mais Napoléon Bonaparte, avec l'aide de son frère Lucien, qui est député et président d'assemblée, et du général Joachim Murat, son futur beau-frère, fait finalement investir l'orangerie pour intimider et expulser les députés.

Plus tard la même journée, les échanges du Conseil des Cinq-Cents reprennent, mais seulement avec les députés favorables à Bonaparte. Ces derniers approuvent alors l'intervention militaire et conviennent avec le Conseil des Anciens de laisser la place à une nouvelle commission temporaire dirigée par Bonaparte, Sieyès et Ducos, nommés consuls, qui assumera le pouvoir en prévision de l'instauration du Consulat. Le coup d'État du 18 brumaire an VIII est considéré comme l'événement ayant mis fin à la Révolution française.

La Convention nationale sous les Thermidoriens, ou réaction thermidorienne, marque la fin du régime de la Terreur et provoque une rupture avec l'héritage politique de Robespierre. Plusieurs membres de l'ancien gouvernement révolutionnaire seront écartés du pouvoir. Certains, comme Billaud-Varenne, du Comité de salut public, et Collot d'Herbois, ancien représentant de mission à Lyon, seront déportés.

D'autres seront exécutés, comme Fouquier-Tinville, du Tribunal révolutionnaire, et Carrier, en raison de son rôle dans l'application du régime de la Terreur en Vendée. Fouché, un des principaux acteurs de la chute de Robespierre, tombera dans l'oubli pendant un certain temps avant d'être engagé ultérieurement dans la police secrète par le Directoire et jouera un rôle important sous Napoléon en tant que ministre de la police.

Les députés centristes de la Plaine, comme Emmanuel-Joseph Sieyès, Jean-Jacques-Régis de Cambacérès ou François-Antoine de Boissy d'Anglas, qui jusqu'ici jouaient un rôle plutôt passif en dépit de leur majorité à la Convention, sortiront de leur discrétion en prenant le contrôle de l'assemblée et formeront une bonne partie du nouveau gouvernement de tendance modérée. Certains Montagnards,  comme Paul Barras, Jean-Lambert Tallien et Louis Fréron, prendront l'occasion de se rapprocher du centre et réussiront à faire partie du pouvoir en dépit de leur engagement notoire dans le régime de la Terreur.

Plusieurs accueillent avec un grand soulagement l'avènement de la Convention thermidorienne. C'est le cas de plusieurs suspects fédéralistes et royalistes qui étaient détenus sans faire l'objet d'accusation qui sont maintenant libérés. Du côté de la Vendée, qui était un foyer de résistance contre la Convention sous les Montagnards, une amnistie est conclue. Par ailleurs, les députés girondins survivants qui n'avaient pas été exécutés et qui avaient été exclus de la Convention y sont réintégrés.

Les Jacobins et les sans-culottes sont maintenant visés par des règlements de compte. Ainsi, le club des Jacobins est fermé le 12 novembre 1794 après plusieurs attaques organisées par des muscadins, jeunes royalistes qui se distinguent par leur façon de se vêtir plutôt extravagante. L'héritage jacobin persistera toutefois dans la sphère politique malgré la cessation des activités du club.

Du côté du Sud-Est de la France, dans un épisode surnommé  la « Terreur blanche », des sans-culottes et des responsables locaux détenus en raison de leur rôle lors de la période de la Terreur sont massacrés en guise de représailles en mai et juin 1795 par des groupes spontanés d'adversaires de la Révolution, pour la plupart royalistes.

À Paris, des sans-culottes  issus des milieux populaires des faubourgs Saint-Antoine et Saint-Marceau s'emploient à tenter de renverser le régime thermidorien  par des insurrections le 1ᵉʳ avril 1795 (12 germinal an III) et le 20 mai 1795 ( 1ᵉʳ prairial an III), mais l'exercice se solde à chaque fois par un échec.

Au niveau politique, la Convention thermidorienne annule et amende plusieurs décisions antérieures prises sous les Montagnards. Elle réforme notamment le Comité de salut public en diminuant son rôle et dissout le Tribunal révolutionnaire. La nouvelle Convention abolit également la loi du maximum, signifiant le retour à une libéralisation du commerce intérieur et extérieur.

Du côté militaire, la guerre contre la première coalition se poursuit mais la situation est assez favorable à la France durant la période thermidorienne. Les Provinces-Unies sont vaincues par l'armée républicaine en Hollande en janvier 1795, et deviennent en vertu d'un traité signé à La Haye la République batave. En avril 1795, la paix est conclue avec la Prusse, davantage intéressée maintenant par la conquête de la Pologne. En juillet 1795, c'est au tour de l'Espagne de cesser les hostilités avec la France. À ce moment-là, il ne reste plus que l'Autriche et la Grande-Bretagne dans la première coalition.

Une consultation populaire a lieu le 6 septembre 1795 pour la mise en place de la nouvelle Constitution de l'an III préparée par la Convention. Celle-ci est basée sur un système législatif bicaméral inspiré de la Grande-Bretagne et des États-Unis. La consultation porte également sur un décret reconduisant dans le nouveau système législatif les deux tiers des députés déjà en place à la Convention.

Le résultat du vote est favorable aux deux propositions mais la partie concernant le décret des deux tiers mécontente plusieurs royalistes et laisse planer un doute à leurs yeux. Ceux-ci déclenchent une insurrection le 13 vendémiaire an IV (5 octobre 1795), qui est réprimée par les hommes de Bonaparte, sur les ordres de Barras. Suite à cette victoire, Bonaparte gravira rapidement les jours suivants les échelons dans la hiérarchie militaire pour être nommé commandant en chef de l'armée de l'Intérieur.

Les élections ont lieu entre le 12 et le 21 octobre. Le 26 octobre 1795, la Convention cesse ses activités pour faire place au nouveau régime du Directoire.