Le 10 juin 1807, Napoléon défait les troupes russes dirigées par le général Bennigsen à Heilsberg. Lorsque les Russes retraitent, il les rattrape et les vainc encore le 14 juin 1807, cette fois-ci de façon décisive, à la bataille de Friedland, ce qui met un terme à la guerre contre la quatrième coalition.
Napoléon conclut les 7 et 9 juillet 1807 les deux traités de Tilsit qui intègrent la Prusse et la Russie à un blocus continental qu'il veut établir contre les Britanniques. Avec le premier traité, la Russie devient un allié de la France contre le Royaume-Uni tandis qu'avec le second, la Prusse est amputée d'importants territoires qui mènent à la création de nouveaux États satellites de la France : le duché de Varsovie, la république de Dantzig et le royaume de Westphalie.
En novembre 1807, Napoléon entame son incursion dans la péninsule ibérique en envoyant au Portugal une armée menée par le général Jean-Andoche Junot afin de forcer le pays, qui est allié au Royaume-Uni, à appliquer le blocus continental. Il ne se doute pas encore que l'entreprise n'est que le début d'un conflit qui s'étendra sur plusieurs années et qui ne lui procurera ultimement aucun gain. Il s'immisce quelques mois plus tard dans les affaires de l'Espagne en y envoyant d'autres troupes dirigées par le maréchal Joachim Murat, son beau-frère.
La présence française en Espagne est très mal accueillie par la population de la capitale Madrid. Celle-ci se soulève le 2 mai 1808 mais l'insurection est réprimée dans le sang par les troupes françaises; d'autres émeutes éclatent aussi à travers tout le pays. Suite à une mésentente au sein de la monarchie espagnole régnante, Napoléon prend le contrôle de l'Espagne et désigne son frère Joseph au titre de roi du pays en remplacement de Ferdinand VII, qu'il a fait prisonnier à Bayonne.
Le 18 juillet 1808, le général Pierre Dupont est défait à Bailén par une partie de l'armée espagnole qui est restée fidèle à l'ancienne monarchie. Au Portugal, l'invasion dirigée par Junot prend fin avec une défaite le 21 août 1808 lors la bataille de Vimeiro, face à l'armée britannique stationnée dans le pays menée par le général Arthur Wellesley (le futur duc de Wellington).
À la suite des insuccès de l'armée française en Espagne, Napoléon décide de se rendre lui-même dans le pays et diriger des offensives qui permettent de remporter des victoires à la fin de 1808 et au début de 1809; la partie nord de l'Espagne jusqu'à Madrid est alors sous occupation française.
Durant l'absence de Napoléon, Talleyrand et Fouché, qui sont sans nouvelles de lui, évoquent une régence par l'impératrice Joséphine et un scénario pour désigner Murat comme successeur de Napoléon s'il venait à mourir. Lorsqu'il est mis au courant de ces discussions, Napoléon quitte précipitamment l'Espagne pour regagner la France à la fin janvier 1809. Visé en particulier par un Napoléon se sentant trahi, Talleyrand est tancé sévèrement pour cette intrigue et verra son influence diminuée. Les répercussions restent toutefois limitées pour les initiateurs de l'affaire mais celle-ci jettera un froid dans leur relation avec Napoléon; le lien entre l'empereur et Murat va aussi se détériorer.
Malgré les récents succès en Espagne, le conflit qui y règne reste entier et l'armée française doit, en plus d'avoir à combattre les armées britannique et espagnole, composer avec des guérillas locales qui harcèlent continuellement ses troupes.